1.毒性作用:长期摄入含有兽药残留的动物源性食品后，药物不断在人体内蓄积，当浓度达到一定量后，就会对机体产生毒害作用。如磺胺类药物可引起肾损害，特别是乙酰化磺胺在酸性尿中溶解度降低，析出结晶后即可损害肾脏。“瘦肉精”属于β-兴奋剂，对心脏有兴奋作用，能损害人的胃、肝、气管等组织，引起心血管系统和神经系统疾病，国内外报道过多起由瘦肉精引起的中毒事件。
有些药物甚至有致畸、致癌、致突变作用。苯并咪唑类药物可持久地残留于肝内，对人体最大的潜在危害是致畸作用和致突变作用。砷制剂、喹啉类、硝基呋喃类、硝基咪唑类药物都已证明有“三致”作用，喹诺酮类药物个别品种已在真核细胞内显示出致突变作用。连续给啮齿动物使用磺胺二甲嘧啶等磺胺类药物，可诱发其甲状腺增生，并有致肿瘤倾向。链霉素具有潜在的致畸作用，可引发动物体细胞发生突变，克球酚、雌激素也有致癌作用。
2.过敏反应:经常食用一些含低剂量抗菌药物残留的食品能使易感的个体出现过敏反应，这些药物包括青霉素、四环素、某些氨基糖苷类抗生素、磺胺类药物等。青霉素类药物引起的变态反应，轻者表现为接触性皮炎和皮肤反应，严重者发生致死的过敏性休克。四环素药物可引起荨麻疹。磺胺药类的过敏反应表现有皮炎、白细胞减少、溶血性贫血和药热。呋喃类可引起以周围神经炎、药热、嗜酸性白细胞增多为特征的过敏反应。
3.激素:人们长期食用含低剂量激素的动物源性食品，激素会蓄积在人体内，干扰机体的激素分泌机能，特别是类固醇类残留，可造成儿童性别畸形、性早熟和肥胖等症状，有些有致癌和增加心血管疾病的危险性。
4.细菌耐药性增强:动物经常反复接触某一种抗菌药物后，其体内敏感细菌将受到选择性的抑制，从而使耐药菌株大量增殖，使疾病治疗变得困难。在国内，磺胺类、四环类、青霉素、氯霉素、卡那霉素、庆大霉素等药物，在畜禽体内产生抗药性，临床效果越来越差，使用剂量也大幅度增加。
细菌的耐药基因可以在人群、动物群和生态系统中的细菌间互相传递，由此可导致更多的致病菌产生耐药性，从而引起人类和动物感染疾病治疗的失败。经常食用含药物残留的动物源性食品，一方面具有耐药性的能引起人兽共患病的病原菌可能大量增加，另一方面带有药物抗性的耐药因子可传递给人类病原菌，当人体发生疾病时，则会给临床治疗带来很大的困难。
5.菌群失调：过多应用药物会使菌群平衡发生紊乱，造成一些非致病菌的死亡，使菌群的平衡失调，从而导致长期的腹泻或引起机体维生素的缺乏。菌群失调还容易引起病原菌的交替感染，使得具有选择性作用的抗生素及其他化学药物失去疗效。
